ようやく記事書ける
kindle 本は iPad で読む派だったのだが、バッテリーがへたってきたため、新しく iPad Air を導入。
ついでで Horos Mobile というアプリを落とす。
ここらへんが Horos らしいなと思うのだが、操作画面になかなかたどり着けない。
あと、これサブスクで契約しないと実質的には使えませんかね。
ちゃんと使えばそれなりの機能持っているのかもしれないが、これならシンプルな OsiriX HD の方がいいかな。
猪股弘明
医師：精神科（精神保健指定医）
Horos: contributor
OsiriX(OpenSource Version):contributor
HorliX: developer
SNS でけっこう支持されたようなので、加筆・修正の上こちらにも転載。
感染症の数理モデルに興味持っている人意外に多いなと思ったんで、ちょっと書きます。（なお、私は感染症の専門家でもなんでもないです）
まず、感染症の数理モデルは既にいくつかあります。有名なのは SIR モデルや SEIR モデルでしょうか。https://ja.wikipedia.org/wiki/SIR%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%AB
あたりを参考に。
何やら、小難しそうですねw
でも、このように数学的に定式化することの利点はあって、それは計算機でシミュレーションできるということです。
ブラウザで使えるシミュレータも用意してあります。
よかったら
https://covid19-seir-model.netlify.app/
で遊んでみてください。
具体的な数値をどう入れていいかわからないって方は下図を参考にしてください。
現在の日本のコロナの感染状況を念頭において１億人の集団で、100万人感染者（緑）がいた場合に設定してます。
R をどう取るかが悩ましいのですが、ここではピークがどう変わるかわかりやすくするため R=2.5 と R=5.0 としました。（実際にはちょっと前-2020/12-で 1.1 。年明けの今はもうちょっと増えていると思います）
なお、ここでは簡便のため R=β/γ としてます。
γは定数（1/γ が平均感染期間）なので、β（感染率）を変化させることで R をコントロールしよう、というのが感染症コントロールの基本です。（私は感染症の専門家でもなんでもないので、日本の「専門家」とは説明の仕方が違うと思いますが、たぶん、数式的にはより忠実にモデルにそって説明していると思います）
ここまででも日本の感染症対策の問題点は幾つか出てくると思います。
・感染者を大雑把に100万人としたが、日本は検査絞り込んだおかげでこの推定が精度よくできない
・モデルとしてはβの方が本質的だが、一部の「専門家」がRtを重視しすぎたせいで、モデルに遡った考察ができにくくなっている
（R が固定値ではないのは理論に遡って考えると明らかでしょう。ウイルスが遺伝子レベルで変異をおこして感染力が変化した場合はもちろん感染のフェーズが変わっても後述するようにRは変化するはずです）
などなど。
一部のコロナ「専門家」と私が見解が異なるのは、「無症候性感染者が増えると、単純な接触制限しただけでは春先（第一波の時）ほど効果は出ない」という点です。
例えば、ある人が１０人に接触したとして、そのうちの１人のみが感染者だったとする。その１人を検査で確定して隔離してしまえば、残りの９人といくら濃厚に接触しようが感染の拡大は起こりません（第一波の頃）。
ところが、９人のうち２人が実は「隠れ」感染者だった場合（現在これに近い状態になりつつあると私は思います）、今、注目している１人も感染する可能性が高くなります。もちろんこの場合は感染拡大は止まらないでしょう。
それはともかく、感染が急激に拡大しているときに過去データの延長（外挿）で Rt=1.1 として計算するのはちょっとおかしい・無理があるというのはご理解いただけるかなあと思います。
ついでで言っておくと、外国では年齢別・地域別にβなどを細かく設定して微分方程式に踏み込んでシミュレーションしてます。
駄文長文、失礼しました。
猪股弘明
医師：精神科（精神保健指定医）
HorliX, OpenDolphin-2.7m 開発者
? 参考
そもそも SEIR ってなんぞやって人は
『感染症数理モデルの基本 SEIR をなるべく数式に頼らず直感的に理解する』
をどうぞ。
? 質疑応答（某所ではこんな感じでした）
Q シミュレーションをどう活用したらいいか？
A シミュレーションってやりっ放しってわけにいはいかず、大抵の場合は検証作業が必要です。なのですが、現在、これはできにくい状況になってます。
単純な SEIR シミュレーションで出てくる数値は、対象とした集団のなかでの暴露者数や感染者数だから、検証のためには「感染者数」の確定数値か無作為抽出に近い「陽性率」どちらかがわかっている必要があります。
Q 広島の取り組みについて、全否定されてるドクターがコメントされていました。PCR検査を確定診断するものであってスクリーニングするものではないと。
A 今後の検査ポリシーで何が正しいのかって難しいと思いますが、経路不明が過半数を超えた時点で、濃厚接触者中心の疫学的調査ってそれほど効果ないんですよ。
これダメなのは、分科会の「専門家」が「今は市中感染がメインとなってきたから、今後は◯◯の検査に切り替える」ってはっきり言わないことです。
Q なんとなくですが、市中感染が広がってるという事というのかクラスター潰しからの次の戦略への移行を分科会は認めたくないの？っていう印象を受けてるんですね。
A 認めたくないって言うのもあるだろうし、そもそも分科会のメンバーの能力を疑問視している医師は多いですよ。
臨床現場だとなおさらそうですが、そういう想像力が働かないリーダーって無能扱いされるんですよ。
出身研究室の合同OB会があったときに出たネタを某院生がブログに書いていたくれたのだが、諸々の事情で非公開になっていた。
けっこう面白いと思ったので、関係者の許可を取ってこちらに転載。
GW 期間中の某日、恒例の OB・OG を交えての懇親会があったのだが、そのとき話題に昇った「ヤバい人」が本当にやばかった話をまとめる。
以前にもどこかで、医師にはマナーの悪い人もいるみたいなことを書いたが、それはお金に汚い、とか理工系関係者に対する態度が尊大だ、程度のことだ。この人は筋金入りだった。某先生いわく「治療が必要なレベル。発達障害と人格障害を足して２で割って、さらにサイコパス要素も加えたようなレベル」だそうだ。粘着な感じも相当で、だから、ここではこちらが特定されないように「ヤバい人」という呼称を使わせてもらう。
技術的におかしなことを挙げていくときりがないし、今回伝えたいことはそういうことではないので、こういう特徴を持った人がいたらまともにかかわっちゃだめだよ！的な感じでまとめたい (^^;)
・態度が身分不相応に尊大。現実的には、社会的評価や業績に圧倒的ともいえる差があるにもかかわらず、特定の意にそぐわない行動を取る人を攻撃対象としかみていない。
・反論が幼稚にもかかわらず、なぜか自信満々。それっぽい反論を「後で」出したりするのだが、いかんせん、ポイントがつかめていないせいか、その反論も反論になっていない。
・理屈では勝てないとわかるとネット上で誹謗中傷かきまくり
やばすぎる。他にも特徴はあると思うが、特にネット上では、即座に力量がわかるわけではないから、こういった傾向を持った人には注意しなければならないと思った。
面白いと思ったのは、ネット上にこういった人は確かに多いこと。
精神科的観点からあれこれコメントしてみたい。
（続く）
– ORCA, OpenDolphin, OsiriX は三種の神器だったのか？
ある時期まではそうだったと思う。具体的には 2010年代前半あたりまでは。
ORCA（オルカ） というのは、日本医師会が主体となって開発が進められたレセコンソフトで、その当時はこれ一台で診療所レベルならば会計から保険（電子）請求まで用が足りてしまった。ただし、操作性には若干の難があり、現実的にはオルカと連動する電子カルテと組み合わせて用いられることが多かったと思う。OpenDolphin （オープンドルフィン）は、その代表格で 2013 年前後はかなり導入されていたようだ。OsiriX （オザイリクス）は、ご存知、DICOM ビューアだ（簡易な PACS 機能もついている）。当時はかなり安価に入手できた。
当時は、どれもオープンソースでソースコード自体が「一般」公開されていたので、スキルとやる気さえあれば自前でインストールできて、よほど凝った使い方をしなければ、クリニックでの自力運用も可能だったように思う。レセコンソフトとそれに連動する電子カルテと画像ビューアがほぼ無償で手に入ったのだ。新規に開業する医師にとっては、非常に心強いものであったと思う。
これはそれ以前の状況と比較するとわかりやすいと思う。
ORCA 登場以前は、メーカー製レセコンや電子カルテは「５年で３００万」くらいが相場で、クリニック経営上はかなりの負担になっていた。画像ビューアは、若干事情が違っていて、そもそも OsiriX あたりに相当する製品はなかったように思う。病院の放射線科で画像診断に使われるようなビューアとなると軽く１００万は超える。小規模なクリニックだと、「外部で撮像された画像をチェックする」程度しか使わないので、そういうメーカー製ビューアは明らかにオーバースペックだ。
だから、ORCA-OpenDolphin-OsiriX というのは、それぞれが強力なツールだったし、三つあわせれば非常に「頼りになる」枠組みだったのだ。
では、現在ではどうだろう？
まず、OsiriX だが、現在でもオープンソース（OpenSource: OS）版は開発されているとはいえ、OS バージョンをそのままビルドしても商用版の OsiriX MD になるわけではない。だから、現在のプロジェクト自体を以前の OsiriX の延長と考えるのは無理があるだろう。実際、各国で医療機器としての承認/認証を受けていることからわかるように、「医療機関向けの医療用ソフト」にコンセプトを変えたと見る方が妥当だろう。
病院勤めの臨床医/研究医がお手軽に OsiriX で患者さんの画像をチェックするというような使い方はもうできないと思う。
次に OpenDolphin だが、いわゆる「本家」の開発元が2020年上半期に LSC（ライフサイエンスコンピューティング）から medley（メドレー）に移った。
メドレーは、
・クラウド版を重視
・オープンソースとしてのプロジェクトという認識が希薄
なようで、今後は dolphin-dev の github リポジトリのソースコードが更新されるというのはちょっと期待できない感じだ。実際、OpenDolphin は開発の経緯もあるためだろうかメドレー自体「オープンソースである」とは明言していない。
（→結局、LSC での販売も正式に終了し、メドレーも普及させる意図はないようなので、実質、この系列からの商用版の利用はできくなったと考えてよいでしょう）
最後に ORCA。これはオープンソースであるが、開発言語やミドルウエアなどが独特で、ソースコードからビルドして使っているという医療関係者はほぼいなかったと思う。そこにきて、オンプレミス版（クラウドタイプではなく、院内 LAN でローカルで走らせるタイプ）が一部有償化されてしまった。医療機関で新規導入をはかる際には有償契約がほぼ必須だろう。
やはり、これも「ちょっと使ってみる」といった使い方はできなくなったように思う。
だから、これらソフトは、現在としては 2010年代前半のように「これ使ってれば間違いはない」といったような、絶対的な存在ではなくなったように思う。
最初の問題提起に戻ると、ORCA-OpenDolphin-OsiriX という枠組みはもはや「三種の神器」とも言えるほど特別な存在ではなくなった、というのが私なりの感想めいた結論だ。
猪股弘明（医師：精神科：精神保健指定医）
OpenDolphin-2.7m, HorliX 開発者
⭐️ 参考
『OsiriX Lite の現在』
『ORCA』
『OpenDolphin-2.7(m) と ORCA について』
『OpenDolphin について』
『OpenDolphin と電子カルテの３要件とメドレー』
『OpenDolphin -wiki 風解説-』
所要とはいえ ORCA（日本医師会がソースコードを公開、配布しているレセコンソフト）とOpenDolphin（電子カルテ。これもオープンソース） と準備してきたので、HorliX（Horos/OsiriX ベースの画像ビューア。オープンソース） も起動。
特に深い意味はないんですが。
いや、しかし、壮観ですな。
一台の Mac の上で動いているってのにちょっと感動してます。
ところで、OpenDolphin・HorliX は、精神科医の猪股弘明先生の開発したバージョンを使ってます。
OpenDolphin は、オープンソースですから、当然、派生バージョンは色々とありますが、OpenDolphin-2.7m （今回、試したバージョン）は本家（dolphin-dev）に割合忠実です。これにはそれ相応の理由がありました。
『OpenDolphin について』、『OpenDolphin と電子カルテの３要件とメドレー』あたりがわかりやすいでしょうか。開発者本人がその経緯を語っています。
私も今回 OpenDolphin に触れてあれこれ感想を持ちましたので、機会があったら何か書いてみたいと思います。
画像ビューア HorliX に関する使い勝手などに関しては『COVID-19 による肺炎CT画像！＜HorliXにて表示＞』（精神科医高木希奈先生のアメブロ）に動画入りで紹介されていますので、そちらもご参照ください。
ところで、先生、最近、ブログで
という法律ガラミにしては？面白い記事を書いているので、こちらもよかったらどうぞ。
ところで ORCA に期待（懸念？）されていることは、本当に今の設計のままで意味のあるクラウド化ができるのかってことですが、これも猪股先生、一つの提案をしてくれました。
将来的には医療情報の類はクラウドに上げて一元管理・ビッグデータとしての活用を図る・・云々みたいな話は、まあそうだろうなとは思うのですが、このとき医療機関側が欲しい情報を取ってこれる環境になっていないとデメリットの方が大きく、実際には誰も参加しないだろうなと思います。
（法的にも医療情報の管理責任は、現状だと医療機関側です。業者ではありません）
欲しい情報を効率よく取ってこれるかどうかは、データ構造の整合性に大きく依存するのではないでしょうか。
これを実現する割と有効な選択肢は現在だといわゆるウェブフレームワークの採用かなと思ったわけです。オルカの職人芸的なデータベースの使い方も嫌いではありませんが（笑）、この後の展開を考えるとなるべくデータ間の「辻褄が合うように」整合性をはかっておく、モデル化しやすいように準備しておく、というのはあっていいのかなと思った次第です。
メーリス上で議論され、最終的には ORCA管理機構の人に「フレームワークの採用も検討してまいります」とまで言わせしめました。→結局、ORCA 管理機構、独自にウェブフレームワークを開発して、WebORCA をリリース。
また、最近では、ORCA のデータベース（PostrgreSQL）から直接データを抜いて、各種指標を加工する方法を提案しています。猪股先生ご自身が『ORCA の日計表と関連テーブル・内部会計フローなどについて』にまとめてくれています。